

游戏故事的起源从2047年开始,《火焰风暴》的故事已经过去了一段时期。游戏一开始有一个相对的和平期,GDI正努力控制泰伯利亚的爆发,此时的泰伯利亚已经遍布各地,地球表面20%的地区都已经无法居住,成为像外星球一样的地方。根据GDI的预测,这样的情况发展下去,不到80年,整个星球将会毁灭。正当GDI为拯救地球而努力的时候,Nod却在建造他们的军队,凯恩正在逐渐复苏,他开始发动猛烈攻击。他们轰炸了位于费城的GDI轨道指挥中心,让GDI的指挥机制彻底瘫痪,Nod像潮水般涌入了GDI的所有要塞。玩家扮演的GDI指挥官就在某个前线中抵抗诺德,指挥军队发动反击,将诺德驱逐出GDI的领土。在这样的情势下,神秘第三势力的出现令世界更加混乱。